Θα εισαχθούν οι βασικές αρχές της Hamiltonian Monte Carlo (HMC) προσομοίωσης, μιας σύγχρονης τεχνικής εντός της κλάσης της μεθοδολογίας εκτίμησης παραμέτρων μέσω Markov chain Monte Carlo αλγορίθμων. Στη συνέχεια θα γίνει μια παρουσίαση του λογισμικού Stan για ημι-αυτόματη εφαρμογή της HMC τεχνικής σε επιδημικά υποδείγματα. Κατόπιν, θα δοθούν παραδείγματα εκτίμησης των βασικών παραμέτρων των επιδημικών υποδειγμάτων μέσω της R και του interface Rstan